SaaS-ohjelmistosta maksetaan niin sanotusti käytön mukaan. Tyypillisesti hinnoittelumallit yritysohjelmistoissa perustuvat esimerkiksi käyttäjämääriin (per seat) ja tämän lisäksi käytetään versiota.
Yleensä SaaS-ohjelmistosta maksetaan laskutuskauden mukaisesti kauden alussa (eng. upfront) joko luottokortilla tai laskulla. Laskutuskausi on yleensä kuukauden tai vuoden mittainen (monthly or yearly/annual billing). Asiakas voi irtisanoa tilauksen ennen uuden laskutuskauden alkua. Jos asiakas päätyy kuukausilaskutukseen, hän voi irtautua tuotteesta kunhan peruu tilauksen ennen seuraavaa veloitusta/laskutusta, ja jos asiakas päätyy vuosilaskutukseen, on hän sitoutunut tuotteeseen ennakkoon maksamansa vuoden ajan kerralla.
Valtaosa yritysasiakkaista päätyy vuosilaskutukseen silloin kun ohjelmiston hinta ei ole merkittävä, sillä tällöin laskuja tarvitsee hyväksyä kerran vuodessa (mikä on kuitenkin aina vaiva) ja vuosilaskutuksessa myönnetään yleensä selkeä alennus (esim. 15%).
Kuukausilaskutus on suosittu tuotteissa, joita vasta ikäänkuin kokeillaan, tai joiden tarve vaihtelee suuresti.
Asiakkaat eivät yleensä tykkää yllätyksistä laskutuksen suhteen, joten tapahtumapohjaiset hinnoittelumallit eivät ole kovin yleisiä. Näitä käytetään eniten silloin, kun SaaS-toimittajan kulut ovat erän osalta tapahtumapohjaisia (esim. tekstiviestin tai sähköisen laskun lähetys).
